WebService::Solr 0.11localhost:8983 でsolrをうごかしているとき。 solr 1.4.1 のサンプルとか。 #!/usr/bin/perl use WebService::Solr; use WebService::Solr::Query; my $solr = WebService::Solr->new; my @fields; my $id_field = WebService::Solr::…

lucene 3.x(3.0.2だったり3.1devだったり) でCompressionTools.compressStringで格納したfieldのデータを lukeでみようとしたんだけど、luke 1.0.1 では見れなかった。 Show Full Textしたあと、Show Contents AsでCompressという選択肢を追加するようにした…

そもそも、テストが通らない原因は、 http statusで302が返ってきたときに、次の場所をみにいかないようになっていたためのようだった。http://www.ensembl.org/das/Homo_sapiens.NCBI36.reference にアクセスすると http://uswest.ensembl.org/das/Homo_sap…

dnalがない状態でテストを実行してみた。 biopython-1.55b% dnal zsh: command not found: dnalLANG=C なら問題なかった running test test_Ace ... ok test_AlignIO ... ok test_AlignIO_convert ... ok test_BioSQL ... /home/manabu/work/biopython/1.55b…

matrix projectや、普通のプロジェクトでパラメータを渡してビルドするときに、そのパラメータをもらってテストするにはmaven-surefire-plugin 2.5とかなら <plugin> <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId> <artifactId>maven-surefire-plugin</artifactId> <version>2.5</version> <configuration> <systemPropertyVariables> <propertyName>firefox</propertyName> </systempropertyvariables></configuration></plugin>

CPAN Testers Reports: Reports for Bio-Das-Lite http://static.cpantesters.org/distro/B/Bio-Das-Lite.html を、みてみると、linuxは1.*しかとおってないのかな。httpステータスコードを見てみたら302が返ってきていた。 # $VAR1 = { # 'http://www.ensem…

http://twitter.com/biopython Thanks /Peterの人に教えてもらって、コマンドを追加して(clustalw, embossなど)、LANG=C にしたら、failが1まで減った。同じコマンドだが、LANGによって、test結果が違う。 LANG fail C 1 ja_JP.UTF-8 6 export LANG=C Ran 14…

実効結果 Result: FAIL Failed 3/331 test programs. 2/20974 subtests failed. tar jvfz BioPerl-1.6.1.tar.bz2 cd BioPerl-1.6.1 perl Build.PL ./Build test blib/script/bp_sreformat.PLS -> blib/script/bp_sreformat.pl blib/script/seqconvert.PLS ->…

コマンドがみつからないとかあるのかぁ実効結果 Ran 144 tests in 254.850 secondsFAILED (failures = 10) tar zxvf biopython-1.54.tar.gz cd biopython-1.54 python setup.py build python setup.py test running test test_Ace ... ok test_AlignIO ... o…

実効結果。 BUILD SUCCESSFUL unzip biojava-1.7.1-all.jar cd biojava-1.7.1 ant ant runtests Buildfile: /home/hogehoge/work/biojava/1.7.1_stable/biojava-1.7.1/build.xmlinit: [echo] Building biojava-1.7.1 [echo] Java Home: /usr/lib/jvm/java-6-…

slaveを追加するときに、マシンごとのMAVEN_HOMEを設定したいとき。 ノードの設定画面で [ツール]を押して、[maven]を選択し そのマシンのMAVEN_HOME(M2_HOME)を設定する。

m2eclipse m2eclipse: Installing m2eclipse http://m2eclipse.sonatype.org/installing-m2eclipse.html update site http://m2eclipse.sonatype.org/sites/m2em2eclipse extras http://m2eclipse.sonatype.org/sites/m2e-extras subversive Eclipse Subvers…

hudsonでテスト結果集計したいので、junit形式の結果出力するテストランナー あるのかなぁとおもったんだけど、パッとみつけられず。cucumberにはjunit形式で出力するオプションがあるようなんだけど、、、Customizing the Ruby TestRunner « End of Line ht…

googleのデータストアからデータがとれるとして、 新しく必要だったのはハンドラー。チュートリアルだと、MyPluginにあたるとこ。http://www.biojava.org/wiki/Dazzle:writepluginまずは、チュートリアルどおりにMyPluginを作ってみて動くことを確認。 多少…

http://wstestgae.appspot.com/das/dsn本家にあるチュートリアルを参考に作ってみた。 本家との違いは、cssとかxslとかかまされてるので、まぁdazzleのサイトだなってかんじの見た目になっているところかな。自分も、googleにdataをいれれるようにしたいなぁ…

sun-java-6と、eclipse.orgから落としたeclipse 3.5を使っているが、 どうも、マウスのボタンクリックがうまくいかない。とりあえずは、まず左クリックして、次にenterキーを押してみると、先に進む感じ。設定の問題かなぁ。最近まで、javaアプリがもっぱら…