biopython 1.54 テストを動かした。その2

http://twitter.com/biopython
Thanks /Peter

の人に教えてもらって、コマンドを追加して(clustalw, embossなど)、LANG=C にしたら、failが1まで減った。

同じコマンドだが、LANGによって、test結果が違う。

LANG	fail
C	1
ja_JP.UTF-8	6

export LANG=C

Ran 144 tests in 263.131 seconds

FAILED (failures = 1)

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ERROR: test_NCBI_qblast

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Traceback (most recent call last):
File "run_tests.py", line 267, in runTest
suite = unittest.TestLoader().loadTestsFromName(name)
File "/usr/lib/python2.5/unittest.py", line 533, in loadTestsFromName
module = __import__('.'.join(parts_copy))
File "test_NCBI_qblast.py", line 98, in
assert found_result, "Missing %s in alignments" % expected_hit
AssertionError: Missing 18409071 in alignments

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Ran 144 tests in 263.131 seconds

FAILED (failures = 1)

LANG=ja_JP.UTF-8

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ERROR: test_Clustalw_tool

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Traceback (most recent call last):
File "run_tests.py", line 267, in runTest
suite = unittest.TestLoader().loadTestsFromName(name)
File "/usr/lib/python2.5/unittest.py", line 533, in loadTestsFromName
module = __import__('.'.join(parts_copy))
File "test_Clustalw_tool.py", line 104, in
assert "has only one sequence present" in str(err)
AssertionError
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ERROR: pseudosample a phylip DNA alignment written with AlignIO

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 267, in test_bootstrap_AlignIO_DNA
self.check_bootstrap("Phylip/opuntia.phy", "phylip")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 249, in check_bootstrap
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fseqboot -auto -filter -outfile=test_file -sequence=Phylip/opuntia.phy -seqtype=d -reps=2

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ERROR: pseudosample a phylip protein alignment written with AlignIO

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 276, in test_bootstrap_AlignIO_protein
self.check_bootstrap("Phylip/hedgehog.phy", "phylip", "p")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 249, in check_bootstrap
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fseqboot -auto -filter -outfile=test_file -sequence=Phylip/hedgehog.phy -seqtype=p -reps=2

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ERROR: pseudosample a phylip DNA alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 262, in test_bootstrap_phylip_DNA
self.check_bootstrap("Phylip/horses.phy", "phylip")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 249, in check_bootstrap
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fseqboot -auto -filter -outfile=test_file -sequence=Phylip/horses.phy -seqtype=d -reps=2

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ERROR: pseudosample a phylip protein alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 271, in test_bootstrap_phylip_protein
self.check_bootstrap("Phylip/interlaced.phy", "phylip", "p")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 249, in check_bootstrap
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fseqboot -auto -filter -outfile=test_file -sequence=Phylip/interlaced.phy -seqtype=p -reps=2

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ERROR: Calculate a distance matrix from an alignment written by AlignIO

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 140, in test_distances_from_AlignIO_DNA
self.distances_from_alignment("Phylip/opuntia.phy")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 115, in distances_from_alignment
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fdnadist -auto -outfile=test_file -sequence=Phylip/opuntia.phy -method=j

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ERROR: Calculate a distance matrix from an phylip alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 135, in test_distances_from_phylip_DNA
self.distances_from_alignment("Phylip/horses.phy")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 115, in distances_from_alignment
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fdnadist -auto -outfile=test_file -sequence=Phylip/horses.phy -method=j

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ERROR: Calculate distance matrix from an AlignIO written protein alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 154, in test_distances_from_protein_AlignIO
self.distances_from_alignment("Phylip/hedgehog.phy", DNA=False)
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 115, in distances_from_alignment
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fprotdist -auto -outfile=test_file -sequence=Phylip/hedgehog.phy -method=j

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ERROR: Calculate a distance matrix from phylip protein alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 149, in test_distances_from_protein_phylip
self.distances_from_alignment("Phylip/interlaced.phy", DNA=False)
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 115, in distances_from_alignment
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fprotdist -auto -outfile=test_file -sequence=Phylip/interlaced.phy -method=j

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ERROR: Make a parsimony tree from protein alignment written with AlignIO

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 221, in test_parsimony_from_AlignIO_protein
self.parsimony_tree("Phylip/interlaced.phy", "phylip", DNA=False)
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 192, in parsimony_tree
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fprotpars -auto -stdout -sequence=Phylip/interlaced.phy -outtreefile=test_file

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ERROR: Make a parsimony tree from an alignment written with AlignIO

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 207, in test_parsimony_tree_from_AlignIO_DNA
self.parsimony_tree("Phylip/opuntia.phy", "phylip")
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 192, in parsimony_tree
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fdnapars -auto -stdout -sequence=Phylip/opuntia.phy -outtreefile=test_file

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ERROR: Calculate a consensus tree with fconsense

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 293, in test_fconsense
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
fconsense -auto -filter -intreefile=Phylip/horses.tree -outtreefile=test_file

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ERROR: Calculate the distance between trees with ftreedist

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Traceback (most recent call last):
File "test_EmbossPhylipNew.py", line 308, in test_ftreedist
% (return_code, str(cline)))
ValueError: Return code 127 from:
ftreedist -auto -filter -outfile=test_file -intreefile=Phylip/horses.tree

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ERROR: Simple muscle call using long file

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 272, in test_long
align = AlignIO.read(child.stdout, "clustal")
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/AlignIO/__init__.py", line 423, in read
raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

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ERROR: Simple muscle call using Clustal output with a MUSCLE header

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 202, in test_simple_clustal
align = AlignIO.read(child.stdout, "clustal")
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/AlignIO/__init__.py", line 423, in read
raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

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ERROR: Simple muscle call using strict Clustal output

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 232, in test_simple_clustal_strict
align = AlignIO.read(child.stdout, "clustal")
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/AlignIO/__init__.py", line 423, in read
raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

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ERROR: Simple alignment using stdin

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 301, in test_using_stdin
align = AlignIO.read(child.stdout, "clustal")
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/AlignIO/__init__.py", line 423, in read
raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

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ERROR: Simple muscle call with multiple output formats

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 330, in test_with_multiple_output_formats
align = AlignIO.read(child.stdout, "clustal")
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/AlignIO/__init__.py", line 423, in read
raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

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FAIL: Simple round-trip through app doing a profile alignment

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 132, in test_Muscle_profile_simple
self.assertEqual(child.returncode, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Simple round-trip through app just infile and outfile

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 88, in test_Muscle_simple
self.assertEqual(child.returncode, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Round-trip through app with a switch and valued option

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Traceback (most recent call last):
File "test_Muscle_tool.py", line 111, in test_Muscle_with_options
self.assertEqual(child.returncode, 0)
AssertionError: 127 != 0

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ERROR: test_NCBI_qblast

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Traceback (most recent call last):
File "run_tests.py", line 267, in runTest
suite = unittest.TestLoader().loadTestsFromName(name)
File "/usr/lib/python2.5/unittest.py", line 533, in loadTestsFromName
module = __import__('.'.join(parts_copy))
File "test_NCBI_qblast.py", line 98, in
assert found_result, "Missing %s in alignments" % expected_hit
AssertionError: Missing 18409071 in alignments
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FAIL: Round-trip with complex command line.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 144, in test_Prank_complex_command_line
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Simple round-trip through app with infile.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 85, in test_Prank_simple
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Simple round-trip through app with infile, output in NEXUS

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 109, in test_Prank_simple_with_NEXUS_output
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

======================================================================
FAIL: Convert FASTA to FASTA format.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 213, in test_convert_to_fasta
self.conversion(8, "fas", "fasta")
File "test_Prank_tool.py", line 174, in conversion
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Convert FASTA to Inteligenetics format.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 195, in test_convert_to_ig
self.conversion(1, "igs", "ig")
File "test_Prank_tool.py", line 174, in conversion
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

======================================================================
FAIL: Convert FASTA to NBRF/PIR format.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 204, in test_convert_to_nbrf
self.conversion(3, "nbr", "pir")
File "test_Prank_tool.py", line 174, in conversion
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

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FAIL: Convert FASTA to PHYLIP format.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 221, in test_convert_to_phylip
self.conversion(12, "phy", "phylip")
File "test_Prank_tool.py", line 174, in conversion
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

======================================================================
FAIL: Convert FASTA to PHYLIP 3.2 format.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Prank_tool.py", line 217, in test_convert_to_phylip32
self.conversion(11, "phy", "phylip")
File "test_Prank_tool.py", line 174, in conversion
self.assertEqual(return_code, 0)
AssertionError: 127 != 0

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ERROR: Call dnal with optional arguments, and do a trivial check on the output.

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Traceback (most recent call last):
File "test_Wise.py", line 39, in test_align
temp_file = Wise.align(["dnal"], ("Wise/human_114_g01_exons.fna_01", "Wise/human_114_g02_exons.fna_01"), kbyte=100000, force_type="DNA", quiet=True)
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/Wise/__init__.py", line 98, in align
return align(cmdline, pair, 0, force_type, dry_run, quiet, debug)
File "/home/manabu/work/biopython/1.54_stable/biopython-1.54/build/lib.linux-x86_64-2.5/Bio/Wise/__init__.py", line 100, in align
raise OSError("%s returned %s" % (" ".join(cmdline), status))
OSError: dnal returned 127

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Ran 144 tests in 224.993 seconds

FAILED (failures = 6)