dasのデータの管理に、googleのデータストアを使う。

googleのデータストアからデータがとれるとして、
新しく必要だったのはハンドラー。チュートリアルだと、MyPluginにあたるとこ。

http://www.biojava.org/wiki/Dazzle:writeplugin

まずは、チュートリアルどおりにMyPluginを作ってみて動くことを確認。
多少でてくるデータを変えたりしたりした。

データをいれるところを作る。その前に。

次のとこ見たら簡単なことは大体できる。

Datastore Java API Overview - Google App Engine - Google Code
日本語
http://code.google.com/intl/ja/appengine/docs/java/datastore/
英語
http://code.google.com/intl/en/appengine/docs/java/datastore/overview.html

登録したデータを確認したいので、コンソールがあったなぁと思って探したが
javaではどうやってみていいのかわからず、ちょと困ったが
python版の方ですぐみつかった

Python 開発用サーバー - Google App Engine - Google Code
http://code.google.com/intl/ja/appengine/docs/python/tools/devserver.html

管理コンソール
http://localhost:8888/_ah/admin

データをいれるところを作る。

とりあえず、/das/dsnは、いまんとこコンフィグに書いたのでよいので、
entry_pointsに表示するようなデータを扱えるようにする。

さっきのデータストア関係の文書をみてEntryPoint.javaというのをつくってみた

Employee.javaってのがgoogleのデータストアのサンプルにあったので、
それのフィールド名を変更して、あとはeclipseにgetter/setterとコンストラクタとか
作ってもらった。

EntryPoint.java

package com.example.myproject.plugin;

import java.util.Date;
import javax.jdo.annotations.IdGeneratorStrategy;
import javax.jdo.annotations.IdentityType;
import javax.jdo.annotations.PersistenceCapable;
import javax.jdo.annotations.Persistent;
import javax.jdo.annotations.PrimaryKey;

@PersistenceCapable(identityType = IdentityType.APPLICATION)
public class EntryPoint {
　　@PrimaryKey
　　@Persistent(valueStrategy = IdGeneratorStrategy.IDENTITY)
    private String name;

    @Persistent
    private String type;

    @Persistent
    private Long start;

    @Persistent
    private Long end;
    
    @Persistent
    private String orientation;

    public EntryPoint(){
    }
    
	public EntryPoint(String name, String type, Long start, Long end,
			String orientation) {
		super();
		this.name = name;
		this.type = type;
		this.start = start;
		this.end = end;
		this.orientation = orientation;
	}

	public String getName() {
		return name;
	}

	public void setName(String name) {
		this.name = name;
	}

	public String getType() {
		return type;
	}

	public void setType(String type) {
		this.type = type;
	}

	public Long getStart() {
		return start;
	}

	public void setStart(Long start) {
		this.start = start;
	}

	public Long getEnd() {
		return end;
	}

	public void setEnd(Long end) {
		this.end = end;
	}

	public String getOrientation() {
		return orientation;
	}

	public void setOrientation(String orientation) {
		this.orientation = orientation;
	}

	@Override
	public int hashCode() {
		final int prime = 31;
		int result = 1;
		result = prime * result + ((end == null) ? 0 : end.hashCode());
		result = prime * result + ((name == null) ? 0 : name.hashCode());
		result = prime * result
				+ ((orientation == null) ? 0 : orientation.hashCode());
		result = prime * result + ((start == null) ? 0 : start.hashCode());
		result = prime * result + ((type == null) ? 0 : type.hashCode());
		return result;
	}

	@Override
	public boolean equals(Object obj) {
		if (this == obj)
			return true;
		if (obj == null)
			return false;
		if (getClass() != obj.getClass())
			return false;
		EntryPoint other = (EntryPoint) obj;
		if (end == null) {
			if (other.end != null)
				return false;
		} else if (!end.equals(other.end))
			return false;
		if (name == null) {
			if (other.name != null)
				return false;
		} else if (!name.equals(other.name))
			return false;
		if (orientation == null) {
			if (other.orientation != null)
				return false;
		} else if (!orientation.equals(other.orientation))
			return false;
		if (start == null) {
			if (other.start != null)
				return false;
		} else if (!start.equals(other.start))
			return false;
		if (type == null) {
			if (other.type != null)
				return false;
		} else if (!type.equals(other.type))
			return false;
		return true;
	}
}

を作ってみた。

実際に追加とかしてみる。

データの作成、取得、削除 - Google App Engine - Google Code
http://code.google.com/intl/ja/appengine/docs/java/datastore/creatinggettinganddeletingdata.html

ここに、作成と取得についてかいてあった。

まずは、アクセスしたらランダムにデータ乎入れるように作ってみて、追加できることを確認した。

ハンドラーを作る

基本的にMyPluginのメソッドの中身を変更するだけ。
もとのソースのコメントに、「ここでデータベースからデータ取得」とか書いてあるのでそのまま指示にしたがう。

GAEPlugin.java

package com.example.myproject.plugin;

import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.NoSuchElementException;
import java.util.Set;
import java.util.TreeSet;

import javax.jdo.PersistenceManager;

import org.biojava.bio.seq.ProteinTools;
import org.biojava.bio.seq.Sequence;
import org.biojava.bio.symbol.IllegalSymbolException;
import org.biojava.servlets.dazzle.Segment;
import org.biojava.servlets.dazzle.datasource.AbstractGFFFeatureSource;
import org.biojava.servlets.dazzle.datasource.DataSourceException;
import org.biojava.servlets.dazzle.datasource.DazzleReferenceSource;
import org.biojava.servlets.dazzle.datasource.GFFFeature;

import com.example.myproject.data.EntryPoint;
import com.example.myproject.data.PMF;


public class GAEPlugin extends AbstractGFFFeatureSource implements DazzleReferenceSource{
	public GFFFeature[] getFeatures(String reference) 
	throws DataSourceException{
		System.out.println("got a features request for " + reference);
		return new GFFFeature[0];
	}

	//@Override
	public GFFFeature[] getFeatures(Segment seg, String[] types)
			throws DataSourceException {
		if(types!=null){
			for(String type : types){
				System.out.println("type="+type);
			}
		}
		
		PersistenceManager pm = PMF.get().getPersistenceManager();
		EntryPoint ep = new EntryPoint();
		ep.setName(seg.getReference());
        try {
            //pm.makePersistent(ep);
            String query = "select from " + EntryPoint.class.getName() + " where name == '"+seg.getReference()+"'";
            List<EntryPoint> eps = (List<EntryPoint>) pm.newQuery(query).execute();
            ep = eps.get(0);
        } finally {
            pm.close();
        }

		List<GFFFeature> features = new ArrayList<GFFFeature>();
		 
		// This is up to YOU:
		// get your data from somewhere, e.g. a database, parse a flat file
		// whatever you like.
		// then with your data we fill the GFFFeature objects
 
		// GFFFeature is a simple Java-bean
		GFFFeature gff = new GFFFeature();
 
		gff.setType(ep.getType());
		gff.setLabel(ep.getName());
		// start and end are strings to support e.g. PDB -file residue 
		// numbering, which can contain insertion codes
		gff.setStart(Long.toString(ep.getStart())); 
		gff.setEnd(Long.toString(ep.getEnd()));
 
		gff.setName("the name of my feature");
		gff.setMethod("the dazzle plugin tutorial");
		gff.setLink("http://www.biojava.org/wiki/Dazzle:writeplugin");
		gff.setNote("the note field contains the actual annotation!");
 
		// see the documentation for GFFFeature for all possible fields
 
		features.add(gff);
		
		//System.out.println("got a features request for " + reference);
		System.out.println("hello getFeatures seg="+seg.toString());
		return (GFFFeature[]) features.toArray(new GFFFeature[features.size()]);

	}

	public Set getEntryPoints() {
		Set<String> s = new TreeSet<String> ();
		// this example has only one feature.
		// for your real data you might want to add a SQL query here.
		//s.add("123");
		PersistenceManager pm = PMF.get().getPersistenceManager();
        try {
            //pm.makePersistent(ep);
            String query = "select from " + EntryPoint.class.getName();// + " where start > 1";
            List<EntryPoint> eps = (List<EntryPoint>) pm.newQuery(query).execute();
            for(EntryPoint ep: eps){
            	s.add(ep.getName());
            }

        } finally {
            pm.close();
        }
		return s;
	}

	public Sequence getSequence(String ref) throws NoSuchElementException,
			DataSourceException {
		String seq =  "ECNEUQESECNEUQESECNEUQESECNEUQESECNEUQES";
		 
		try {
			Sequence prot = ProteinTools.createProteinSequence(seq, ref);
			return prot;
		} catch ( IllegalSymbolException e){
			throw new DataSourceException(e.getMessage());
		}
	}
}

これで、entry_pointsが使えるようになった。

コンフィグに、自分のデータを表示できるように加える。

PMF.javaは、googleのところにあるやつそのまま

データを追加する部分を作る。

とりあえずフォームを用意して投稿できるようにしようとおもった。
あとで、dsnのところとかも追加できるようにしたいので、とりあえず認証をつけてみるテスト。

Google アカウント Java API 概要 - Google App Engine - Google Code
http://code.google.com/intl/ja/appengine/docs/java/users/overview.html

ここのコードをそのまま使ったらうまく動いた。

次

せっかくデータを登録とかできるが、entry_pointsに詳細データがでないので、
それを表示できるようにしてみたい。

どんどんクリックしていったら、feature_idを処理できなかったので、
インターフェースを追加して、処理できるようにしてみたい。

あとは、githubにコードを登録しよう。