gbrowseをVMwareにいれる。

おんなじようなエントリーを書いてる気がする。。。

とりあえず、bioperlを1.5.1とかにしなきゃいけなさそうとかあるので
後ろのほうのやつは、debがみつからなかったので、CPANからとってくるやつ

apt-get install bioperl devscripts fakeroot debhelper dh-make-perl

それ系のパッケージをいれておく

requireされてた必要そうだったものをいれておく、

apt-get install libcgi-session-perl libxml-parser-perl libxml-writer-perl libxml-twig-perl libsoap-lite-perl libhtml-parser-perl libdbd-mysql-perl libgd-gd2-perl libtext-shellwords-perl libxml-dom-perl libgraph-perl libtext-wrapper-perl libclone-perl libxml-sax-perl libxml-sax-writer-perl libspreadsheet-parseexcel-perl libtest-deep-perl

一応大部分これではいるんだけど

 AcePerl	                 Access to ACeDB databases
			                 Bio::DB::Ace

 DB_File                  Perl access to Berkeley DB
                          Bio::DB::Flat
			                 Bio::DB::Fasta
                          Bio::SeqFeature::Collection
			                 Bio::Index::*

これがはいらなかった。

cpanの設定がしてないときは、設定しておく。

perl -MCPAN -e shell

dh-make-perl --cpan Data::Stag --build
dpkg -i libdata-stag-perl*.deb
dh-make-perl --cpan Convert::Binary::C --build
dpkg -i libconvert-binary-c-perl*.deb
dh-make-perl --cpan Class::AutoClass --build
dpkg -i libclass-autoclass-perl*.deb

apache2をいれる

apt-get install apache2

public_htmlの下で使いたいときなどは、その手の設定をしておく。

ちょとはまったのが、UserDirのモジュールの読み込み忘れ

ln -s /etc/apache2/mods-available/userdir.load /etc/apache2/mods-enabled/userdir.load
ln -s /etc/apache2/mods-available/userdir.conf /etc/apache2/mods-enabled/userdir.conf

これでうまくいったんだけど、なんかa2* みたいなコマンドがあったきがする。。。

a2enmod userdir
/etc/init.d/apache2 restart

あとは

bioperl-1.5.1のdebianパッケージを作ってみる
d:id:manabou:20060304/1141462487

でbioperlをいれて

gbrowseを適当なディレクトリにいれるスクリプト
d:id:manabou:20060516/1147807682

gbrowseをいれる。

はてな記法がまだおぼえられず。。。