gbrowseを適当なディレクトリにいれるスクリプト

/var/www/tmp

のパーミッションが777じゃないと動かないかも
あとはファイルを適当な位置におくひつようがある

~/public_html/ggb

にいれたいとすると
まず

~/public_html/

に

Generic-Genome-Browser-1.64.tar.gz

を置いておく。これはのちのちなおしたい
あとは

cd ~/public_html/ggb

で以下のスクリプトを実行

#!/bin/sh

INSTALLDIR=$PWD
echo $PWD
mkdir tmp
cd tmp
tar zxvf ../../Generic-Genome-Browser-1.64.tar.gz
cd Generic-Genome-Browser-1.64

perl Makefile.PL APACHE=$INSTALLDIR NONROOT=1 BIN=$INSTALLDIR/bin LIB=$INSTALLDIR/lib
make
make install

cd $INSTALLDIR
# clean up files from tar ball
rm -rf tmp/*
# I want to use tmp as image temp but , I can't configure
#chmod 777 tmp


# replace directory in yeast_chr1.conf 
sed "11,13s%\/gbrowse\/%..\/..\/..\/htdocs/gbrowse/%g" conf/gbrowse.conf/yeast_chr1.conf > yeast_chr1.conf
# I use yes for always overwrite
yes | mv yeast_chr1.conf conf/gbrowse.conf/
# replace directory in yeast_chr1.conf 
sed "14s%\/gbrowse\/%%g" conf/gbrowse.conf/yeast_chr1.conf > yeast_chr1.conf
# I use yes for always overwrite
yes | mv yeast_chr1.conf conf/gbrowse.conf/
# replace directory in Browser.pm
sed '2349s/\.\.\/\.\./\./g' `find lib -name "Browser.pm"` > Browser.pm
# I use yes for always overwrite
yes | mv Browser.pm `find lib -name "Browser.pm"`

# htaccess for cgi-bin
cat <<EOF> cgi-bin/.htaccess
Options ExecCGI
SetHandler cgi-script
EOF

# chmod
chmod 755 cgi-bin

色がないなぁってかんじのときは、スタイルシートやらjavascriptが読み込まれてない可能性があるので

conf/gbrowse/yeast_chr1.conf

の11行目から13行目のディレクトリの位置を

../../../
../../
../
/

とかを試してみるとよいとおもう。
apacheとかのエラーから正しいディレクトリの位置を推測することも可能かと。

汎用にするには道がとおいな。。。