bioperl-1.5.1のdebianパッケージを作ってみる
Gbrowse1.64が動かないなので、apache2のエラーログをみてみると
Can't locate object method "parse_types" via package "Bio::DB::GFF::Adaptor::memory"
とかいってたので、よくINSTALLよんだら
bioperl 1.5より上を要求している。。。
手元のシステムは1.4.1だが、新しいdebianのパッケージがないので、、、
Linux/Debian/namazuパッケージを改造する - discypus
http://discypus.jp/wiki/?Linux%2FDebian%2Fnamazu%A5%D1%A5%C3%A5%B1%A1%BC%A5%B8%A4%F2%B2%FE%C2%A4%A4%B9%A4%EB
ココを参考?にしてみた。
やったこと
mkdir bioperl
cd bioperl
apt-get source bioperl
#これで1.4.1のソースがおちてくる
bioperl.orgから1.5.1のcurrent_core_unstable.tar.gzをとってくる
同じ場所で展開する
cp -r bioperl-1.4.1/debian bioperl-1.5.1
cd bioperl-1.5.1
dch -v 1.5.0.99-1
debuild -us -uc
これで完成
なんとか、Generic Genome Browser 1.64が動いた。。。
#もう1度どっかで作ってみよう
mkdir bioperl cd bioperl apt-get source bioperl wget http://bioperl.org/DIST/current_core_unstable.tar.gz tar zxvf current_core_unstable.tar.gz cp -r bioperl-1.4/debian bioperl-1.5.1 cd bioperl-1.5.1 dch -v 1.5.0.99-1 debuild -us -uc
これだと最後のあたりで、ユーザーの入力が必要になる。。。
具体的には dchのセーブと、debuild バージョン違いによる yes/no