gbrowse 1.65 on VMware

前回と同じように、とりあえず

~/public_html/

に、Generic-Genome-Browser-1.65.tar.gz を置く。

~/public_html/ggb

インストールしたいディレクトリが上のものだとそこに移動して、そこで次のスクリプト。

#!/bin/sh

INSTALLDIR=$PWD
echo $PWD
mkdir tmp
cd tmp
tar zxvf ../../Generic-Genome-Browser-1.65.tar.gz
cd Generic-Genome-Browser-1.65

perl Makefile.PL APACHE=$INSTALLDIR NONROOT=1 BIN=$INSTALLDIR/bin LIB=$INSTALLDIR/lib
make
make install
cd ../..
# replace directory in yeast_chr1.conf
sed "11,13s%\/gbrowse\/%..\/..\/..\/htdocs/gbrowse/%g" conf/gbrowse.conf/yeast_chr1.conf > yeast_chr1.conf
# I use yes for always overwrite
yes | mv yeast_chr1.conf conf/gbrowse.conf/
# replace directory in yeast_chr1.conf
sed "14s%\/gbrowse%%g" conf/gbrowse.conf/yeast_chr1.conf > yeast_chr1.conf
# I use yes for always overwrite
yes | mv yeast_chr1.conf conf/gbrowse.conf/
# htaccess for cgi-bin
cat <<EOF> cgi-bin/.htaccess
Options ExecCGI
SetHandler cgi-script
EOF

# chmod
chmod 755 cgi-bin

少しかわってるみたいだけどなんとかいけた。